Im Untersuchungsgebiet wurden 12 Hilfspegel (1 - 12) eingerichtet, die wöchentlich abgelesen werden. Sie dokumentieren die Wasserstandsschwankungen in den ausgewählten Gewässern.
Die Pegelmesslatten wurden an Eisenträgern befestigt und entweder an vorhandenen Bauwerken angebracht (Hilfspegel 4, 6, 7, 8, 9, 11, 12) oder im Gewässerboden verankert (Hilfspegel 2, 3, 4, 5, 10) .
Eine genaue Beschreibung der Hilfspegel und Fotos der Messstellen können in der folgenden Tabelle unter der Spalte "Bilder" aufgerufen werden.
| Pegelnummer | Bezeichnung der Pegelmessstelle | Bilder |
| 1 | Burgaubrücke in Knielingen | 1 |
| 2 | Baggersee Pfeifer, Westufer; | 2 |
| 3 | Kleiner Bodensee, Ostufer; | 1 |
| 4 | Kleiner Bodensee Nordufer, am Durchlassrohr zum Albkanal; | 2 |
| 5 | Albkanal, oberhalb Balkenwehr; | 1 |
| 6 | Albkanal, am Durchlassrohr zum Kleinen Bodensee; | 1 |
| 7 | Albschleuse, rheinseits; | 1 |
| 8 | Albkanal, Brücke am Eggensteiner Altrhein; | 1 |
| 9 | Pfinz-Entlastungskanal, westlich Eggenstein-Leopoldshafen | 1 |
| 10 | Albkanal, Mündung ins Schmugglermeer | |
| 11 | Pfinz-Entlastungskanal, Zugbrücke; | 1 |
| 12 | Alter Hafen Leopoldshafen, Kaimauer | 1 |
Zusätzlich werden in vierwöchigem Rhythmus an 14 Stellen (A - O) Wasserproben entnommen und im Labor der Kläranlage Karlsruhe auf 15 verschiedene Parameter hin analysiert.
| Probestelle | Bezeichnung der Entnahmestelle für Wasserproben |
| A | Burgaubrücke in Knielingen |
| B | Hauptsammler der Kläranlage Karlsruhe |
| C | Kleiner Bodensee, Ostufer |
| D | Baggersee Pfeifer, Westufer |
| E | linkes Albufer, nach Einmündung des Hauptsammlers der Kläranlage Karlsruhe |
| F | rechtes Albufer, nach Einmündung des Hauptsammlers der Kläranlage Karlsruhe |
| G | Kleiner Bodensee Nordufer, am Durchlassrohr zur Alb |
| H | Albkanal, unterhalb Balkenwehr |
| I | Albkanal, Brücke am Eggensteiner Altrhein |
| K | Pfinz-Entlastungskanal, westlich Eggenstein-Leopoldshafen |
| L | Albkanal, Mündung ins Schmugglermeer |
| M | Schmugglermeer, Nordufer |
| N | Pfinz-Entlastungskanal, Zugbrücke |
| O | Alter Hafen Leopoldshafen, Kaimauer |